Απέναντι από την Εκκλησία του Αποστόλου Παύλου, υπάρχει ένα μικρό κτήριο, το οποίο στεγάζει σήμερα το Εκκλησιαστικό Μουσείο. Το κτήριο αυτό αποτελεί ένα εξαιρετικό πείραμα αντισεισμικής αρχιτεκτονικής από τον Καθηγητή Περ. Παρασκευόπουλο.

Εντός του Εκκλησιαστικού Μουσείου βρίσκονται αποθησαυρισμένα σημαντικά αντικείμενα, όπως μέρος των ευρημάτων από την παλαιοχριστιανική Βασιλική του Αγίου Λεωνίδου και των επτά διακονισσών του αρχαίου λιμανιού του Λεχαίου. Εκεί βρίσκεται, επίσης, το αρχείο οθωμανικών και ελληνικών εγγράφων των πλέον ιστορικών Ιερών Μονών της Κορινθίας, Παναγίας της Φανερωμένης και Αγίου Γεωργίου Φενεού, όπως και το παλαιό αρχείο της Ιεράς Μονής Αγίου Δημητρίου Στεφανίου και άλλα έγγραφα. Τα έγγραφα αυτά έχουν μάλιστα εκδοθεί με σχετική επιμέλεια του Μητροπολίτου Παντελεήμονος σε ελληνική μετάφραση από τα τουρκικά.

Σε αυτά προστίθενται αντιμήνσια παλαιών ιεραρχών της Ιεράς Μητροπόλεως Κορίνθου, όπως του Αγίου Μακαρίου του Νοταρά, καθώς και αρχιερατικά άμφια.

Η συλλογή του Εκκλησιαστικού Μουσείου συμπληρώνεται από αρκετές Βυζαντινές και Μεταβυζαντινές, κυρίως, φορητές εικόνες, σπουδαίας θρησκευτικής, καλλιτεχνικής και ιστορικής σημασίας, όπως η προσωπική εικόνα του Ιωάννη Καποδίστρια, πρώτου κυβερνήτη της Ελλάδας, καθώς και τμήμα μεταβυζαντινών τοιχογραφιών που διασώθηκαν από τα συντρίμμια της κατεστραμμένης από το σεισμό του 1981 παλαιάς Εκκλησίας της Περαχώρας. Τα σημαντικά εκθέματα του εκκλησιαστικού Μουσείου, πρόσφατα μεταφέρθηκαν σε ειδικά διαμορφωμένο χώρο της Κροκιδείου αιθούσης, ευρισκομένης στο κτιριακό συγκρότημα του Επισκοπείου της Ιεράς Μητροπόλεως Κορίνθου.